DuIvyTools (DIT)

重要：使用前务必查看命令帮助

DuIvyTools 持续开发中。务必先运行 dit \x3Ccommand> -h 获取该命令最准确、最新的参数信息。

DuIvyTools 是一个命令行工具，用于分析和可视化 GROMACS 分子动力学模拟结果。它提供约 30 个命令，用于处理 XVG、XPM、NDX 等常见的 GROMACS 输出文件。

快速入门

安装

pip install DuIvyTools

或使用清华镜像（国内更快）：

pip install DuIvyTools -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

验证安装

dit

获取帮助

dit                    # 所有可用命令
dit -h                 # 全局参数
dit xvg_show -h        # 特定命令帮助（务必先执行此操作！）

核心概念

单位与数据转换

• GROMACS 默认单位：时间 = ps，距离 = nm，能量 = kJ/mol
• 默认不转换单位：除非用户明确要求，否则保留原始单位
• 转换时：必须同时更新数据和坐标轴标签

列与行索引

• 列索引：从 0 开始（0 = 第一列）
• 行索引：从 0 开始（0 = 第一行）
• 原子索引（NDX）：从 1 开始（GROMACS 惯例）
• 范围：左闭右开（如 1-7 表示第 1 至第 6 列）

XPM 数据类型

• 离散型（Discrete）：如 DSSP，每个像素代表一个离散状态
• 连续型（Continuous）：如 DCCM、FEL，每个像素代表一个连续值
• xpm_diff：仅适用于连续型，不适用于 DSSP 等离散型

命令列表

XVG 命令（数据可视化）

XPM 命令（矩阵可视化）

NDX 命令（索引文件）

工具命令

完整参数说明请参阅 commands-reference.md。

绘图引擎

使用 -eg 参数指定引擎：dit xvg_show -f data.xvg -eg plotly

常用工作流

可视化 XVG 数据

# 基本显示
dit xvg_show -f rmsd.xvg

# 比较多个文件
dit xvg_compare -f rmsd.xvg gyrate.xvg -c 1 1,2 -l RMSD Gyrate

# 计算平均值（从第 2000 行到末尾）
dit xvg_ave -f rmsd.xvg -b 2000

# 显示分布
dit xvg_show_distribution -f gyrate.xvg -c 1

显示 XPM 矩阵

# 基本显示
dit xpm_show -f dccm.xpm -cmap coolwarm -zmin -1 -zmax 1

# 3D 模式
dit xpm_show -f fel.xpm -m 3d -x PC1 -y PC2 -z Energy

# 等高线图
dit xpm_show -f dccm.xpm -m contour -cmap coolwarm

# 交互式 plotly
dit xpm_show -f fel.xpm -eg plotly -m 3d

更多实际场景请参阅 examples.md。

参考文档

• commands-reference.md - 完整命令参数说明
• examples.md - 实际使用场景示例

相关资源

• GitHub: https://github.com/CharlesHahn/DuIvyTools
• 文档: https://duivytools.readthedocs.io/
• 引用: https://doi.org/10.5281/zenodo.6339993